Choisir Eclipse ou Netbeans pour programmer en Java peut être un choix difficile.

On trouvera sur http://www.developpez.com et http://www.developpez.net/forums/ de nombreuses discussions ou débats.

Un peu le même genre de discussion que Java ou C++ comme choix de langage de programmation.

Le problème se pose également lors du choix du langage et de l'outil lorsque qu'on développe sur une plateforme embarquée comme Raspberry. 

Pour un débutant en programmation Netbeans est vraisemblablement le choix correct. On pourra alors écrire très rapidement une application GUI avec nos exercices d'apprentissage. Par contre l’environnement avec Eclipse est généralement utilisé par les entreprises et développeurs d'applications ou produits complexes avec plusieurs programmeurs.

On trouvera sur le Web de nombreux exemples en Java ou C++ où le code est directement intégré dans un projet Netbeans ou Eclipse et on aura pas forcément le choix.